Выравнивание файлов. Файловая система размещает данные в кластерах, которые занимают до 64 секторов. Даже если файл имеет небольшую длину, он займет целый кластер. Файлы больших размеров разбиваются на порции, каждая из которых имеет размер кластера файловой системы. Последние несколько байтов, так сказать остаток от разбиения, также займут целый кластер. В последний сектор файла, таким образом, попадет случайная информация, которая была в оперативной памяти компьютера на момент записи файла. Среди этой случайной информации могут оказаться ключи шифрования и пароли. Иначе говоря,  в последнем кластере любого файла может находиться конфиденциальная информация.

NTFS или файловая система Windows NT. Принято считать, что файловая система со встроенным управлением доступом безопасна. Однако то, что пользователь обязан вводить пароль для получения доступа к персональным данным, оставляет лишь ложное ощущение безопасности личных файлов. Злоумышленник, имеющий права администратора или физический доступ к хард-диску может получить доступ к секретным, личным файлам. Для этого ему потребуется лишь недорогой дисковый редактор.

Системный реестр. Windows хранит свои данные в системном реестре. Word также сохраняет имя открытого файла в реестре. Web-браузеры хранят в реестре доменные имена страниц, которые посетил пользователь. Операционная система использует реестр при загрузке, а это значит, что если какой-либо метод шифрования запускается после загрузки Windows, то результат его работы может быть скомпрометирован.

Режим сна. Этот режим чрезвычайно популярен на ноутбуках. При переходе в режим сна операционная система копирует данные, находящиеся в оперативной памяти, на диск. В таком случае на жесткий диск может попасть секретная, конфиденциальная информация.